Gestión y uso compartido de datos#

¿Qué es?#

Tanto las revistas como los patrocinadores científicos han puesto más énfasis en los últimos años en el hecho de que es fundamental guardar tanto los datos sin procesar generados durante el curso del descubrimiento científico, como los flujos de trabajo utilizados para procesar dichos datos. Si bien los mandatos para depositar públicamente datos de imágenes sin procesar se implementaron recientemente en varios países, puede ser difícil para los investigadores saber dónde almacenar imágenes, códigos y metadatos asociados con sus experimentos de bioimagenología.

🤔 ¿Cuáles son mis opciones?

Hay muchas opciones para almacenar datos de imágenes en repositorios en línea. Estos servicios facilitan compartir y reutilizar datos. La mejor opción dependerá del tamaño del conjunto de datos, el presupuesto de almacenamiento, si hay datos relacionados que no sean imágenes y cuántos metadatos hay disponibles para el conjunto de datos. Algunas opciones se resumen a continuación:

Comparación de varios repositorios de datos

Figura 8 Opciones para almacenar datos de bioimágenes Figura de Beth Cimini (2023) Fuente#

⚠️ ¿Dónde pueden salir mal las cosas?

  • No almacenar versiones originales de imágenes. Es fundamental que los datos de la imagen sin procesar se guarden y almacenen. Es muy importante que estos archivos no sean formatos comprimidos (p. ej., “.jpeg”) o modificados de los archivos originales en los que se realizó el análisis. Si se modifican los archivos, las mediciones cambiarán y nadie más podrá reproducir la línea de análisis.

  • Los metadatos de imágenes necesarios no están disponibles. Para calibrar correctamente los datos de medición, es fundamental que junto con los datos se incluya información como el tamaño de píxel (p. ej., en micras), el fabricante y el modelo del microscopio y la configuración de adquisición. Si esto no se incluye, será muy difícil reproducir los resultados o combinar los datos con otros conjuntos de datos.

📚🤷‍♀️ ¿Dónde puedo obtener más información?