Introducción

Las imágenes de microscopía son inherentemente cuantitativas, lo que las convierte en una fuente de datos muy poderosa. Como biólogo, el análisis de imágenes le permite traducir estos números en conocimientos que responden a preguntas biológicas. Para nuestros propósitos, análisis de imágenes es el proceso de medir aspectos de fenómenos biológicos capturados en imágenes microscópicas. Las imágenes microscópicas ya son inherentemente cuantitativas en el sentido de que son matrices (es decir, cuadrículas) de números. Sin embargo, el análisis de imágenes es el proceso de convertir estos números sin procesar en medidas biológicamente interpretables. El análisis de imágenes generalmente implica una serie de pasos que se pueden recopilar en un flujo de trabajo de análisis. A continuación se muestra un ejemplo simple de un flujo de trabajo:

flowchart LR A[Raw image] -->|Illumination correction| B[Corrected image] B -->|Segmentation| C((Identified objects \n e.g., cells, nuclei)) C -->|Measure size and shape| D(Size and shape measurements \n e.g., Average cell area) B & C-->|Measure intensity|G(Intensity measurements \n e.g., Average eGFP intensity) classDef empty width:0px,height:0px; style G fill:#DCC7FA, stroke:#8338EC style C fill:#FFF4d6,stroke:#FFBE0B style A fill:#FFD6E8,stroke:#F5006A style B fill:#FFD6E8,stroke:#F5006A style D fill:#D6E6FF,stroke:#3A86FF style G fill:#D6E6FF,stroke:#3A86FF

The specifics of your workflow depend on your biological question. Below we present a few common types of analysis for fluorescence microscopy experiments. For each, we’ll explain key ideas to understand before you begin, common pitfalls, and links to a few key resources to learn more. We encourage you to think about your analysis strategy even before beginning sample preparation. While not always possible, speaking with an image analysis expert¹⁹ in your local core facility or asking a question on the image.sc forum before you begin can save you a ton of time and headache when it comes to designing an image analysis strategy. Some general concepts are also covered in a recent short review²⁰.

Tenga en cuenta que «automatizado» y «cuantificado» no son en absoluto lo mismo que «preciso» e «imparcial»; consulte ⁹ y ¹⁸ para un tratamiento más detallado de estos temas.