Introducción

Las imágenes de microscopía son inherentemente cuantitativas, lo que las convierte en una fuente de datos muy poderosa. Como biólogo, el análisis de imágenes le permite traducir estos números en conocimientos que responden a preguntas biológicas. Para nuestros propósitos, análisis de imágenes es el proceso de medir aspectos de fenómenos biológicos capturados en imágenes microscópicas. Las imágenes microscópicas ya son inherentemente cuantitativas en el sentido de que son matrices (es decir, cuadrículas) de números. Sin embargo, el análisis de imágenes es el proceso de convertir estos números sin procesar en medidas biológicamente interpretables. El análisis de imágenes generalmente implica una serie de pasos que se pueden recopilar en un flujo de trabajo de análisis. A continuación se muestra un ejemplo simple de un flujo de trabajo:

flowchart LR A[Raw image] -->|Illumination correction| B[Corrected image] B -->|Segmentation| C((Identified objects \n e.g., cells, nuclei)) C -->|Measure size and shape| D(Size and shape measurements \n e.g., Average cell area) B & C-->|Measure intensity|G(Intensity measurements \n e.g., Average eGFP intensity) classDef empty width:0px,height:0px; style G fill:#DCC7FA, stroke:#8338EC style C fill:#FFF4d6,stroke:#FFBE0B style A fill:#FFD6E8,stroke:#F5006A style B fill:#FFD6E8,stroke:#F5006A style D fill:#D6E6FF,stroke:#3A86FF style G fill:#D6E6FF,stroke:#3A86FF

Los detalles de su flujo de trabajo dependen de su pregunta biológica. A continuación, presentamos algunos tipos comunes de análisis para experimentos de microscopía de fluorescencia. Para cada uno, explicaremos ideas clave que debe comprender antes de comenzar, errores comunes y enlaces a algunos recursos clave para obtener más información. Le animamos a pensar en su estrategia de análisis incluso antes de comenzar la preparación de muestras. Aunque no siempre es posible, hablar con un experto en análisis de imágenes¹⁹ en su centro local o hacer una pregunta en el foro image.sc antes de comenzar puede ahorrarle mucho tiempo y dolores de cabeza al diseñar una estrategia de análisis de imágenes. Algunos conceptos generales también se abordan en una breve reseña reciente{cite}`.

Tenga en cuenta que «automatizado» y «cuantificado» no son en absoluto lo mismo que «preciso» e «imparcial»; consulte ⁹ y ¹⁸ para un tratamiento más detallado de estos temas.