Medidas de tamaño y forma#

¿Cuáles son las medidas de tamaño?#

Las medidas de tamaño describen las dimensiones de los objetos en su imagen. Las medidas de tamaño comunes incluyen:

  • Área: el espacio 2D que ocupa un objeto en la imagen o el área de superficie 3D de un objeto

  • Volumen: el espacio 3D que ocupa un objeto en una imagen 3D

  • Perímetro: la distancia alrededor del borde de un objeto

¿Qué son las medidas de forma?#

Las medidas de forma describen la forma 2D o 3D de los objetos en nuestra muestra. Las medidas de forma comunes incluyen:

  • Circularidad: Cuán redondo o alargado es un objeto. Definido formalmente como \(circularidad = 4pi*{area}/{perímetro}^2\) donde 1 es un círculo perfecto y circularidad <1 es un polígono más alargado.

  • Solidez: qué tan denso versus tenue/agujereado es un objeto. Definido formalmente como \(solidez = área/área convexa\) donde área convexa es similar al área dentro de una forma formada al estirar una banda elástica alrededor del objeto.


📏 ¿Cómo lo mido?

Después de segmentar una imagen para ubicar los píxeles que pertenecen a diferentes objetos, la morfología se puede medir fácilmente en muchos softwares de análisis de imágenes, como FIJI y CellProfiler. Por ejemplo, en Fiji, después de identificar sus objetos como ROIs, asegúrese de Analizar > Establecer medidas… y seleccione «Descriptores de forma» y luego simplemente mida sus ROIs con Analizar > Medir. En CellProfiler, esto se logra usando el módulo MeasureObjectSizeShape.

⚠️ ¿Dónde pueden salir mal las cosas?

  • No entender las limitaciones de tus imágenes. Todas las estructuras biológicas son 3D, pero a menudo analizamos imágenes 2D. ¡A menudo esto sigue siendo muy útil! Pero cuanto más grandes y complejos sean sus objetos (por ejemplo, neuronas en una sección de tejido), más limitada se vuelve una vista 2D.

  • No se pueden usar unidades calibradas. Asegúrese de calibrar correctamente sus imágenes y presente las medidas finales en micrones (o unidades similares). Si mide imágenes en 3D, asegúrese de tener en cuenta el paso z, que probablemente sea mayor que el tamaño de píxel xy.

📚🤷‍♀️ ¿Dónde puedo obtener más información?